Prvi ruski car koji nije iz porodice Rurik, Boris Godunov, umro je u 53. godini 13. aprila 1605. Njegova je smrt obavijena tajnama i do danas se povjesničari raspravljaju o tome je li njegova smrt bila prirodna ili nasilna.
Ljetopisni dokumenti ukazuju da je na dan svoje smrti Godunov izgledao zdrav, objedovao s velikim apetitom i popeo se na toranj s kojeg je volio da nadgleda Moskvu. Zatim je sišao s nje, osjećajući se loše. Doktor pozvan kod cara nije mogao ništa učiniti, car mu je iskrvario iz ušiju i nosa, ubrzo je Godunov otišao.
Kako je napisao jedan od predstavnika engleskog ambasadora Thomasa Smitha, koji se u tom trenutku nalazio na dvoru ruskog autokrate, car je, pored mučnine i bolova u stomaku, osjetio da je umro i pre dolaska lekara.
Iznenadna smrt Borisa Godunova, bolovi u stomaku daju razlog za sumnju da je car otrovan. Njegova smrt bila je korisna, prije svega, pristašama Lažnog Dmitrija I, čije su se trupe u to vrijeme približavale Moskvi.
U narodu se pojavila glasina da je sam car otrovan u naletu očaja zbog njegove nepopularnosti u narodu, gladi u zemlji i okupacije Poljaka.
Poznavajući Borisovu narav, njegov karakter, želju za vrhovnom vlašću, za koju je bio spreman na sve (optužen je za trovanje Ivana Groznog, ubistvo Careviča Dmitrija, sina Ivana IV.), Što je i postigao, postavši de faktički vladar Rusije pod Fedorom Ivanovičem, možete sumnjati u verziju samoubojstva Godunova. Ruski narod, njegovo mišljenje o caru, bio je, najvjerovatnije, ravnodušan prema autokrati. Napredak Poljaka širom zemlje nije mogao uplašiti ni cara, jer su u ruskoj istoriji postojala još gora vremena, sjetimo se, na primjer, invazije Mongolsko-Tatara u Rusiju.
Ne treba zaboraviti da je Godunov u posljednje vrijeme često bio bolestan, a njegova smrt mogla bi biti posljedica duge bolesti autokrate.
